El primer Santuario de la Virgen de San Juan fue una ermita o pequeña capilla de paredes de adobe y techo de paja a un costado del hospital. Allí fue colocada la imagen dejada por los misioneros franciscanos en 1545 cuando llegaron a estas tierras anunciando la Buena Nueva del Evangelio de Jesucristo. La imagen de la Virgen de San Juan no era la imagen titular de la capilla, sino Juan Bautista. En 1634 se inicio la construcción de una pequeña capilla de material sobre la existente ordenada por don Juan Contreras Fuerte, para proteger a la imagen y los objetos que los feligreses traían de ofrenda, terminando la capilla en el año de 1641. Pero tan sólo seis años después, como la nueva ermita amenazaba ruina, el obispo de Nueva Galicia, Juan Ruiz Colmenero, ordenó que se edificara una más sólida. Así nació la tercera ermita, toda calicanto, y más tarde el mismo prelado dispuso que se techara de nuevo con bóvedas. Esta construcción sería luego el templo parroquial de San Juan Bautista. El primer capellán Pbro. Juan Contreras Fuerte construyó el pocito en el lugar donde surgió milagrosamente una fuente de agua; junto al arroyo, el Pbro. Juan Contreras vio una niña que golpeaba con un palo una peña en la que había humedad, por lo que al siguiente día mandó un indio con una barra para hacer pileta; el indio fue, y al segundo golpe que dio, brotó agua en abundancia. Un siglo después la gente comenzó a acudir al pocito para buscar agua milagrosa y por devoción. El 30 de noviembre de 1732 el obispo don Nicolás Carlos Gómez de Cervantes, personalmente eligió otro sitio para un nuevo santuario a la Virgen, y bendijo y colocó la primera piedra; es la actual basílica. Por decreto del 6 de junio de 1743, el obispo Juan Gómez de Parada independizó este santuario de la parroquia de Jalostotitlán.